本會由美國神召會（American Assemblies of God）差派宣教士何華閣夫婦（Rev. A. Walker Hall）於六十年代創立。一九六三年，主引導何牧師夫婦在港發展徙置區福音工作。當時，美國兩間教會特別為本會天台學校的裝修工程奉獻；於是何牧師從這兩間教會之中文譯名中，各取一「華」字及「惠」字來為本會命名，以資記念，「華惠神召會」的名稱由此而生。

一九六五年，何牧師夫婦及同工眼見在九龍灣新填海區一片泥濘的土地上，安置了數以萬計的居民，便向政府申請海傍近機場跑道的一塊空地，蓋起軍用鐵皮屋，作為幼稚園、小學及佈道所之用。

一九六七年，九龍灣安置區的居民陸續遷往藍田、慈雲山和秀茂坪公共屋村居住。為繼續聯絡和牧養慕道者及信徒，何牧師四出奔走，向當時的徙置事務署申請在各區續辦幼兒和福音事工。幾經艱苦，於一九六九年二月得到政府批出藍田第七座及慈雲山六十一座地下作為幼稚園校舍。同年九月，再獲秀茂坪三十一座校址。自此至七七年，教會工作在各區皆持續發展，本會亦註冊成為有限公司。

一九七八年，本會購得觀塘康寧道九號五樓C座，成立了華惠神召會觀塘堂。七九年三月本會註冊成為非牟利團體。同年十月，何華閣牧師及師母退休回國。

其後，本會再購得觀塘堂毗鄰B座單位，使環境得以擴充。一九八五年在青衣長康村開辦幼稚園及福音工作。一九八六年二月，慈雲山幼稚園因樓宇結構出現問題清拆。一九八八年八月在橫頭磡開辦幼稚園及福音工作。

一九九五年藍田校因清拆停辦，同年再於慈雲山開辦何華閣中英文幼稚園。一九九八年於沙田顯徑村開辦顯徑中英文幼稚園。二零零一年，秀茂坪堂因幼稚園校舍清拆而將聚會與顯徑堂融合；至二零零二年七月，秀茂坪及顯徑堂之會友遷至觀塘堂一同聚會，並增設午堂崇拜，同時租用晨光大廈九樓作總會辦事處。因事工之發展，在二零零三年四月，觀塘堂租用了觀塘道410號十六樓全層作為聚會之用，舊址則出租給其他教會使用。

二零零七年二月，觀塘堂因為午堂崇拜人數增多，所以增設中堂崇拜。自此，觀塘堂每主日均設早、中、午三堂崇拜。同年，橫頭磡校結束，橫頭磡堂遷往旺角繼續發展，並改名為華惠神召會甘霖堂。其後甘霖堂與觀塘堂於二零零九年五月融合。

二零零九年，顯徑校及慈雲山校相繼結束，慈雲山堂於同年八月與觀塘堂融合。二零一一年，長康校結束，長康堂於同年八月與觀塘堂融合。

感謝神！由於教會信眾持續增長，於二零一一年一月，華惠神召會轉為租用觀塘成業街7號寧晉中心二十樓A-F室作聚會之所，繼續拓展福音及牧養信徒的工作。

華惠神召會現為神召會香港聯會有限公司（Assemblies of God Hong Kong Association Limited）的法人會員之一。神召會香港聯會（前稱：神召事工）乃美國神召總議會（General Council of Assemblies of God, USA）及普世神召會聯會（World Assemblies of God Fellowship）認可之香港地區神召會總議會（General Council）。